PHP の設定って PHP で書いた方がよくない？ – あーありがち (2008-01-24)
php.iniや.htaccessで設定するのではなく、phpで設定を書こう！というお話。仰る通りだと思います。
特にフレームワークとかだと起動ファイルを必ず経由していくので、（CLIはアレですが）PHPで設定を書いておいても特に障壁とはならないのではないでしょうか。
上で、CLIはアレとは書いているものの、私は起動ファイル経由でもCLIでもスクリプトの最初で設定ファイルを読み込ませ、どちらでも同じ設定が共有できるようにしています。